新千年的第一个十年，拜仁的成绩稳步提升：六次德甲冠军、五次双冠王（德甲和德国杯），而决定性的胜利是拜仁在2001年欧冠联赛中戏剧性的胜利。 2002年，拜仁重组为股份公司，随后开始修建安联球场，并对俱乐部的架构进行部分改造。

1999年欧冠决赛惨败给曼联后，奥利弗·卡恩、斯特凡·埃芬博格和乔瓦尼·埃尔伯带领的拜仁慕尼黑在2000年齐心协力，奋战到底。 1999/2000年欧洲冠军联赛中，拜仁慕尼黑在小组赛中遇到了他们“最喜欢的”对手皇家马德里。 他们分别在伯纳乌和奥林匹克球场以4-2和4-1击败对手，在短短8天内对阵银河战舰打进8球。 半决赛两队再次相遇，皇马以总比分1球优势将拜仁慕尼黑挡出决赛。 由于拜仁客场0-2不敌对手，虽然主场2-1获胜，但无力力挽狂澜，惨遭淘汰。

德甲联赛中，拜仁再次夺冠，不过这个冠军让人意外。 希斯菲尔德的球队上轮之前一直落后于勒沃库森，但勒沃库森上轮却出人意料地输给了已经提前降级的安达赫兴。 拜仁慕尼黑在最后时刻奇迹般地夺得了冠军。 在德国杯决赛中，拜仁慕尼黑以3-0击败云达不莱梅，报了去年决赛点球大战输给对手的一箭之仇。 本赛季也是球队历史上第三次夺得联赛杯双冠王。 卡恩还被评为德国年度足球先生。

救赎：2001年登顶

2000/01赛季对于所有球员和拜仁球迷来说都是难忘的。 尽管拜仁在德国杯第二轮意外被马格德堡淘汰，但他们在上轮联赛对阵汉堡的比赛中凭借补时最后分钟帕特里克·安德森的间接任意球再次夺得德甲冠军。 排名第二的沙尔克04队的比赛已经结束，他们的球迷已经开始庆祝胜利，却听到了安德森打进致胜进球的消息……

带着最后时刻夺冠的好运，拜仁在欧冠决赛前一天赶赴米兰备战与瓦伦西亚的比赛。 2001年5月23日，拜仁慕尼黑在圣西罗球场迎来决赛对手瓦伦西亚。 2000/01赛季对于拜仁来说是“复仇之年”。 拜仁慕尼黑在欧冠联赛中完成了一系列复仇之战。 首先拜仁欧冠冠军，他们在四分之一决赛中淘汰了曼联。 半决赛两回合分别以1-0和2-1击败皇马。 在决赛中，卡恩成为当晚的英雄。 120分钟内两队打成1-1平。 随后的点球大战中，卡恩扑出3个点球，以5-4击败对手，帮助球队半个世纪以来第四次捧起欧冠奖杯。

接下来的2001/02赛季，拜仁慕尼黑只获得了一次冠军。 在联赛冠军争夺战中，球队排名第三，仅次于多特蒙德和勒沃库森。 德国杯半决赛，拜仁0-2负于沙尔克04。球迷唯一的安慰是2001年11月在丰田杯中战胜博卡青年，库福尔的进球挽救了球队本赛季一无所获，而丰田杯奖杯在1976年之后再次在慕尼黑举行。在冠军联赛中，他们被老对手皇家马德里挡在半决赛之外。

告别教练

2002/03赛季德甲联赛，拜仁慕尼黑再次称霸德甲联赛。 拜仁以不可思议的16分优势领先斯图加特夺得冠军。 德国杯决赛中，迈克尔·巴拉克梅开二度，帮助球队毫无悬念地3-1击败凯泽斯劳滕。 埃芬博格的继任者巴拉克被评为德国年度足球先生。 球队唯一的缺点是拜仁在小组赛中被淘汰。 当然，任何事情都有两个方面。 帮助拉科鲁尼亚击败拜仁的前锋罗伊·马凯一年后披上了拜仁的红色球衣，并为拜仁赢得了比赛。

2003年夏天，塞本纳大街为这位荷兰人支付了当时俱乐部历史上最高的转会费。 不久之后，事实证明这位前锋是值得拜仁为他支付的每一分钱的。 在拜仁的第一个赛季，这位前锋一直位居射手榜榜首。 尽管这位高效前锋付出了努力，但拜仁在2003/04赛季却未能取得一粒进球。 拜仁在德甲联赛中落后云达不来梅，在德国杯半决赛中输给亚琛，在欧冠四分之一决赛中输给皇家马德里。

由于成绩不佳，主教练希斯菲尔德不得不离开执教六年的拜仁慕尼黑。 这六年对他来说无疑是非常成功的：四次德甲冠军、两次德国杯、一次欧洲杯和一次丰田杯，所有这些都足以让他成为拜仁历史上最成功的教练之一。 只有 Udo 赢得的比赛比他多。 2003/04赛季最后一场比赛在奥林匹克体育场举行，拜仁球迷为希斯菲尔德和他的助理教练迈克尔·汉克举行了盛大的告别仪式。 他的离开标志着塞布纳大街一个时代的结束。 希斯菲尔德的继任者是菲利克斯·马加特，他必须在未来几年带领球队前进。

马加特和新主场

2004年夏天，拜仁教练位置发生变化。 马加特取代了在拜仁取得巨大成功的希斯菲尔德，并试图在接下来的几年里延续前任的辉煌。 马加特是一位非常重视纪律、秩序和体能的教练。 在日常训练中，他经常要求球员穿上铅背心，使用实心足球进行训练。 接下来的两个赛季，拜仁再次创造了历史。 拜仁在2004/05赛季和2005/06赛季获得了双冠王拜仁欧冠冠军，这是拜仁历史上从未取得过的巨大成功。

新球场的使用也为拜仁的发展做出了巨大的贡献。 2005年5月，俱乐部离开时隔33年的奥林匹克体育场，搬入职业足球场——安联球场。 对于拜仁慕尼黑来说，这是荣耀的延续，也是新时代的开始。

在经历了两年半的成功赛季后，拜仁再次陷入低谷。 2007年1月31日马加特被解雇，希斯菲尔德回到拜仁执掌球队。 此前，拜仁在德国杯四分之一决赛中输给了亚琛。 面对如此颓势，希斯菲尔德无力扭转局面。 拜仁在2006/07赛季德甲联赛中仅排名第四。 这是拜仁新千年以来首次无缘欧冠。 默梅特·绍尔也在本赛季结束了自己15年的拜仁职业生涯，在此期间他为拜仁赢得了15个冠军头衔。

2007/08赛季，拜仁改变转会策略，开始引进世界级高水平球员。 拜仁以闪电般的速度签下了弗兰克·里贝里和卢卡·托尼。 他们的加盟帮助拜仁迅速实现复兴。 而希斯菲尔德也在执教拜仁的最后一个赛季再次夺得双冠王。 德国杯决赛，拜仁2-1击败多特蒙德。 德甲联赛中，他们领先第二名不来梅10分，夺得冠军。 唯一的缺陷是，在联盟杯半决赛中拜仁欧冠冠军，拜仁输给了当年的冠军圣彼得堡泽尼特。 那个赛季，三届世界最佳门将卡恩选择退役，希斯菲尔德也在赛季结束后离开拜仁，接手瑞士队的教职。

大型康复中心顺利竣工

2008/09赛季，克林斯曼接任希斯菲尔德的接班人。 在前德国国家队主帅的带领下，在塞布纳大街上建成了集健身、休息、康复于一体的康复中心。 不过，拜仁主场0-1不敌沙尔克04后，俱乐部与克林斯曼分道扬镳。 此前，球队在他的带领下遭遇一系列失败：德国杯半决赛2-4不敌勒沃库森、当年1-5不敌德甲冠军沃尔夫斯堡、欧冠0-4负于巴塞罗那。联赛四分之一决赛。

老帅海因克斯被任命接手拜仁并执教本赛季最后五场比赛。 最终拜仁排名联赛第二位，仅次于沃尔夫斯堡，直接获得下赛季欧冠资格。